Les scientifiques n'ont pas encore trouvé le parent direct du SRAS-CoV-2 chez les animaux sauvages, bien que les formes les plus proches du virus ont été observées chez les chauves-souris. Le virus peut avoir eu pour hôte intermédiaire le pangolin avant d'évoluer pour être capable d'infecter les humains. Ou bien il peut être directement passé des chauves-souris aux Hommes, ce qui ne serait pas une première. Après la première épidémie de SRAS en Chine en 2003, les chercheurs ont commencé à étudier les chauves-souris sauvages dans les grottes locales. Une étude de 2018 a révélé les parents génétiques du virus du premier SRAS chez les chauve-souris, ainsi que des anticorps spécifiques, signe résiduel d'infection, chez leurs voisins humains. 

Chercher des réponses aux événements précis qui ont conduit à une telle pandémie revient à « chercher une aiguille dans une botte de foin », déclare Ian Lipkin, épidémiologiste à l'Université de Columbia, qui a co-écrit un premier article de recherche dans Nature Medicine sur les origines naturelles du SRAS CoV-2. Le rapport Yan affirme que ce rapport paru dans Nature Medicine présente un « conflit d'intérêts » : le travail de Lipkin pour contenir l'épidémie de SRAS de 2002-2003 lui a valu un prix du gouvernement chinois. Lipkin considère cette accusation comme « absurde », et lorsqu'on lui demande son point de vue sur le rôle de la bio-ingénierie dans les origines du SRAS-CoV-2, il ajoute : « Il n'y a pas de données à l'appui. » 

La découverte de la source naturelle du coronavirus nécessitera probablement un échantillonnage à grande échelle de plusieurs espèces d'animaux - y compris des chauves-souris et des populations humaines - en Chine pour retracer l'évolution du nouveau coronavirus. L'Organisation mondiale de la santé prépare une équipe d'experts pour mener une enquête de cette ampleur en Chine, bien qu'aucun calendrier n'ait encore été fixé.